Cuando los Zaghawa (gente de Kanem) llegaron al área alrededor del Lago Chad, encontraron estados de ciudades amuralladas independientes de la civilización Sao, una civilización que había florecido alrededor del siglo VI, con su centro alrededor del río Chari, al sur del Lago Chad. Los Zaghawa adoptaron algunas de las costumbres de Sao, pero la lucha entre los dos duró desde el siglo VII hasta el XVI.
La conquista de Kanem por los zaghawa se realizó bajo la dinastía Duguwa, iniciada por el rey Sef (también conocido como Saif … algunas personas ansiosas por cambiar la historia africana dicen que los zaghawa eran de Yemen … pero todos sabemos que eran personas locales) alrededor de 700 CE.
La dinastía, Sayfawa o Sefuwa, se llama así por el rey Dugu, uno de los hijos de Sef, que gobernaba alrededor del 785 CE. Abandonando su estilo de vida nómada, los zaghawa establecieron una capital en N’Jimi (que significa «sur»; aún se desconoce la ubicación de esta ciudad, pero se cree que está cerca del lago Fitri). Bajo el gobierno de Dugu, Kanem se expandió para convertirse en un imperio. Los reyes Zaghawa, llamados maï, eran considerados como divinos y pertenecían a un establecimiento gobernante conocido como Magumi. Fueron reconocidos por una gran cantidad de caballos.
La expansión de Kanem alcanzó su punto máximo durante el reinado de Maï Dunama Dabbalemi (ca. 1221-59) y se extendió hacia el norte en la región de Fezzan (Libia), hacia el oeste en Kano (Nigeria), hacia el este hasta Ouaddaï (o Wadai), y hacia el sur en las praderas de Adamawa ( Camerún). Se convirtieron al Islam alrededor del siglo XI.
A finales del siglo XIV, las luchas internas y los ataques externos habían destrozado a Kanem. Entre 1376 y 1400, seis Maïs reinaron, pero fueron asesinados por invasores extranjeros. Finalmente, alrededor de 1396, los invasores de Bulala forzaron a la dinastía Sayfawa, una vez fuerte, a abandonar a Njimi y mudarse a Bornu en el borde occidental del lago Chad.
Alrededor de 1472, Maï Ali Dunamami fortificó el estado de Bornu y estableció la capital en Ngazargamu, que tenía tierras más fértiles. Con el tiempo, el matrimonio entre los Kanembu y los Borno creó un nuevo pueblo, el Kanembu, y un lenguaje llamado Kanuri.
El imperio Kanem-Bornu alcanzó su punto máximo durante el reinado de Maï Idris Alooma (ca. 1571 – 1603), quien es recordado por sus grandes habilidades militares y diplomáticas. Sus principales adversarios fueron los hausa al oeste, los tuareg y los toubou al norte y los bulala al este. Un poema épico cuenta sus victorias en 330 guerras y más de 1,000 batallas.
Era un verdadero genio militar, y algunas de sus innovaciones incluían el uso de campamentos militares fijos (con muros), asedios permanentes y tácticas de «tierra quemada», caballos y jinetes blindados, el uso de camellos bereberes, de hábiles barqueros de Kotoko, y de mosqueteros con casco de hierro entrenados por asesores militares turcos. Tenía vínculos diplomáticos muy fuertes con Trípoli, Egipto y el imperio otomano, que en algún momento enviaron a la corte de Alooma en Ngazargamu un partido de embajadores de 200 miembros a través del desierto a la corte de Alooma.
Los ingresos del estado provinieron del tributo de los estados vasallos, de la ruta comercial sahariana y del comercio de esclavos. Muchos productos como el algodón, el natrón (carbonato de sodio), las nueces de cola, el marfil, las plumas de avestruz, los perfumes, las pieles y las pieles se exportaron al norte a través del desierto del Sahara.
A finales del siglo XVII, el imperio comenzó a declinar, y en el siglo XVIII, solo se extendió hacia el oeste hacia la tierra de los hausa. A principios del siglo XIX, el imperio en declive no pudo sostener el avance de los guerreros fulani de Usman Dan Fodio, quien proclamó la guerra jihad contra los no musulmanes.
